Alone in the Dark est un jeu de type survival horror basé sur le temps réel, dans lequel il est possible de jouer à la première et troisième personne. Le but du jeu est de survivre et de trouver des indices et plusieurs sortes de stratégies pour vous enfuir, vous débarrasser de vos ennemis, trouver des moyens pour détruire, brûler ou casser les obstacles qui se dressent contre vous. Vous avez par ailleurs la possibilité de rouler au volant de plusieurs voitures et d'aller vous « défouler » dans Central Park, lorsque vous ne parvenez pas à passer un niveau (un chapitre), vous avez aussi le droit de décider de circuler au prochain chapitre.
Edward Carnby se réveille amnésique et retenu prisonnier par plusieurs individus. Il comprend rapidement qu'un autre individu le connaît et est en possession d'un pendentif mystérieux. Le grand méchant en place veut s'en servir pour trouver le « porteur de lumière », mais des fissures mouvantes tuent et provoquent la destruction progressive du bâtiment. Edward va donc devoir survivre à ces phénomènes qui vont le pourchasser dans les rues de New York, l'obligeant à se retrouver reclus dans Central Park.
Le reste de l'histoire est dévoilé lors de la quête d'Edward visant à stopper l'aggravation de la situation avant que l'ennemi principal ne parvienne à ses fins. Edward sera aidé régulièrement par différents personnages et finira par devoir choisir entre deux maux celui qui semble le moindre afin d'éviter l'enfer sur terre.